Dois anos se passaram desde o último torneio King of Fighters e ninguém viu Kyo Kusanagi ou Iori Yagami desde que derrotaram Orochi no clímax do torneio de 1997, mas do nada, novos convites são enviados para muitos personagens, convidando-os para um torneio totalmente novo, embora esta competição seja mais secreta do que as de 96 e 97. Diferente dos jogos anteriores da série, são quatro personagens por time ao invés de três, com o quarto servindo como um "Striker", um lutador cuja função é apenas entrar em uma partida, atacar o adversário e sair sem substituir seus companheiros de time. No total, existem sete equipes, cada uma contendo quatro personagens, quatro personagens Team Edit e um chefe.