The Binding of Isaac: Rebirth é um remake de The Binding of Isaac. O enredo é baseado em uma história bíblica. O pequeno Isaac e sua mãe vivem felizes em uma pequena casa na colina. E de repente a mãe ouviu uma voz, que lhe disse que seu filho está contaminado pelos pecados e deve ser salvo. A voz pede à mulher que remova todo o mal de Isaac para salvá-lo. Existem 12 finais no jogo.
Ao controlar Isaac ou outro dos seis personagens para escolher, o jogador deve percorrer vários níveis do porão, composto por muitas salas que são geradas processualmente no jogo, e os lugares são habitados por criaturas hostis com as quais você deve lutar . Dentro das salas, a jogabilidade é projetada como um shooter. O personagem pode atirar para derrotar seus inimigos com lágrimas que ele chora enquanto evita colisões com eles. Além disso, se o personagem perder toda a sua saúde, ele não continua o jogo do ponto salvo, ele morre. Depois disso, o jogo começa do início. O jogo incluirá todo o conteúdo do jogo original, além de algumas inovações: um novo capítulo, novos personagens e inimigos, além de novos itens e salas.