O jogo se passa no universo Star Wars durante a era da Velha República. O jogador assume o papel de um comando da República que lidera seu grupo de quatro soldados clones, o Esquadrão Delta, através de várias missões militares. Você controla diretamente apenas o comandante do esquadrão, Delta-38 aka Boss, os outros três personagens são NPCs controlados por IA aos quais você pode dar ordens. Eles são conhecidos apenas por seus codinomes e possuem diferentes especializações: Sev é um franco-atirador, Fixer é um técnico e Scorch é especialista em explosivos. O jogador não está totalmente identificado com o personagem principal e, se Boss for abatido, o jogador pode ordenar que seus companheiros o revivam ou continuem com a missão. O nível só é considerado reprovado se todo o Esquadrão Delta estiver inativo. A trama gira em torno das Guerras Clônicas que foram travadas entre os Episódios II e III do filme. O Esquadrão Delta luta contra as forças separatistas em vários planetas, entre eles Geonosis e a terra natal dos Wookies, Kashyyk. Alguns personagens clássicos de Star Wars fazem aparições, mais proeminentemente, General Grievous como chefe e Mestre Yoda em um briefing de missão. A trilha sonora do jogo contém trechos da trilha sonora do filme Star Wars, algumas músicas originais e uma música da banda de Indie Rock Ash.
