O Vortex, o quase invencível, secreto, mas extremamente perigoso inimigo, agora parece tão distante. Faz pouco tempo que este monstro arrancou a família de Ecco de Home Bay. Então Ecco enfrentou as águas desconhecidas para encontrar e derrotar esta ameaça que se alimentava das criaturas do mar. A Rainha Vortex, embora enfraquecida, não foi destruída. Ela seguiu Ecco de sua colmeia no espaço profundo de volta para este novo planeta nutritivo. Agora, mergulhando nas águas quentes da Terra, ela procura um abismo profundo e afunda no abismo, onde se alimenta da Terra enquanto gera riachos de filhotes de Vórtices. Sua alimentação ganha força, criando uma corrente descendente contra a qual pequenos peixes lutam em vão. Ela está criando uma nova raça Vortex, e sua presença na Terra é um presságio de desgraça para todas as suas criaturas! Ecco deve livrar o mundo desse mal envolvente. Mesmo enquanto ele cai nas ondas, o futuro está se revelando. Mas deve ser um futuro sombrio governado pelo Vórtice e - sem vida, miserável e frio? A Terra tem alguma chance de Ecco parar o Vortex! Ele é “a pedra que divide o fluxo do tempo”. Ele agora enfrenta sua missão mais perigosa. Pois não é apenas seu casulo de golfinhos que está em jogo, mas a Terra e todos os seres vivos!
