The Incredibles: Rise of the Underminer dá continuidade à história do primeiro filme da Pixar, acompanhando o Sr. Incrível e Gelado enquanto perseguem o Escavador por túneis subterrâneos para impedir seu plano de dominar o mundo. Os jogadores podem alternar entre os dois super-heróis ou se unir no modo cooperativo, e cada personagem tem habilidades distintas que evoluem ao longo da campanha. Enquanto os heróis principais se aventuram no subsolo, o restante da família Pêra enfrenta ameaças na superfície, criando tramas paralelas que expandem o universo do filme.