O presidente da Latvéria, Dr. Destino, é um inimigo terrível. Por isso, quando ele elabora um plano para explodir a cidade de Nova York com uma bomba atômica roubada, um único super-herói da Marvel não basta para detê-lo. Como explica a história em quadrinhos ricamente ilustrada que acompanha o jogo, o Homem-Aranha e o Capitão América precisam unir forças, ir até a Latvéria e frustrar seus planos.
A ação principal do jogo é no estilo beat ’em up com rolagem lateral, no qual você controla alternadamente os dois personagens. Cada um tem seus próprios golpes para enfrentar o Rhino, o Electro e outros inimigos. Os golpes variam conforme a distância entre seu personagem e o oponente. As barras de energia diminuem conforme vocês recebem golpes. Ao fim de cada seção, você é recompensado com trechos em quadrinhos, que também apresentam o desenrolar da história.