A sequência do beat 'em up atualizado de 2003, Teenage Mutant Ninja Turtles 2: Battle Nexus coloca o quarteto de tartarugas em outra aventura da segunda temporada da série, desta vez permitindo que toda a equipe trabalhe em conjunto através de um modo multiplayer para 4 jogadores.
Cada tartaruga agora tem sua própria habilidade única e movimentos de luta especiais que se encaixam em sua personalidade: como operar interruptores e computadores, ou mover ou destruir objetos estacionários. No modo single-player, os jogadores podem trocar de tartaruga rapidamente para realizar as várias tarefas. Ao longo de alguns níveis, as tartarugas também têm seções de corrida em vários terrenos.
À medida que os jogadores progridem no jogo, eles podem encontrar itens secretos, habilidades e power-ups, incluindo o jogo de arcade Teenage Mutant Ninja Turtles original do final dos anos 80.