As cinco missões do jogo têm três ou quatro estágios cada. Vários reféns estão sendo mantidos em cada etapa; Joe deve resgatar todos eles antes de poder terminar a etapa. O último estágio de cada missão não tem reféns, mas apresenta um poderoso chefe que Joe deve derrotar. Depois de completar cada uma das quatro primeiras missões, o jogador é levado a um estágio bônus, onde pode ganhar uma vida extra se conseguir matar todos os ninjas que saltam em sua direção. Completar a quinta missão encerra o jogo. Além disso, uma vez que a quinta missão começa, as continuações não são mais permitidas; o jogador tem que terminar o jogo com quantas vidas lhe restam naquele ponto. Se o jogador ganhar um lugar no placar de recordes, o número de créditos que ele levou para obter essa pontuação é exibido junto com sua pontuação.
As armas padrão de Joe são um suprimento ilimitado de shuriken, junto com socos e chutes ao atacar de perto. Um refém por estágio dá a ele um power-up. Quando energizado, suas estrelas de arremesso são substituídas por uma arma que dispara balas grandes e explosivas, e seu ataque de curto alcance se torna uma barra de katana. Joe também pode realizar "magia ninja", que pode ser usada apenas uma vez por fase e mata (ou danifica, no caso de chefes) todos os inimigos na tela. O jogo também permite que os inimigos se escondam atrás de caixas ou usem escudos para bloquear os shurikens de Musashi.[4]
Joe pode ser morto com um golpe, desde que seja atingido por um projétil ou ataque corpo a corpo, mas se ele não se encontrar nessas situações, o jogador pode tocar em inimigos normais e apenas ser empurrado para trás sem ser danificado. Como a maioria dos inimigos aparece no mesmo lugar em cada nível, é possível dominar o jogo memorizando suas localizações e criando padrões para derrotá-los.
Ao final de cada etapa, o jogador recebe bônus de pontuação com base no desempenho. Completar o estágio sem usar magia ninja ou sem usar estrelas ou balas de arremesso dá ao jogador um bônus de ponto. O jogador tem três minutos para completar cada etapa; o tempo restante no final da etapa também é convertido em pontos de bônus e adicionado à pontuação do jogador.
