Após os eventos da revolta levou quatro anos. Naomi Hunter cria o vírus de computador FOXAVILE que destrói o sistema dos "Filhos dos Patriotas", pondo assim fim à economia militar, o que transformou a guerra em um negócio lucrativo. As PMSC (Companhias Privadas de Segurança Militar) passaram a proteger pessoas essenciais e atuar como mantenedores da paz. Você joga como Raiden, um ciborgue empunhando uma katana que é forçado a se juntar à PMSC para proteger sua família. A maior parte da jogabilidade Raiden tem que cortar inimigos e alguns objetos com uma poderosa espada de alta frequência. Junto com os ataques padrão disponíveis "modo de espada livre" que permite controlar o assalto. No modo aberto, os ataques são mais poderosos, mas o alcance de seu impacto é menor. Para a eliminação de inimigos no modo Free, são dados pontos que permitem restaurar a saúde e a escala da espada livre com a ajuda de fluidos que estão na espinha dos ciborgues mortos. Sem ser detectado, você pode executar mortes silenciosas e rápidas em alguns inimigos que se aproximam por trás ou por cima. Disponíveis, pelo menos, dez tipos de armas e alguns trajes.
