Marvel vs. Capcom: Clash of Super Heroes é o quinto jogo de luta licenciado pela Marvel Comics da Capcom e o terceiro jogo da série Marvel vs. Capcom. Em contraste com X-Men vs. Street Fighter e Marvel Super Heroes vs. Street Fighter, o jogo apresenta personagens de várias franquias da Capcom, como Mega Man e Strider, em vez de apenas personagens de Street Fighter.
O jogo acontece dentro da continuidade dos quadrinhos da Marvel, quando o professor Charles Xavier chama os heróis para detê-lo antes que ele se funda com a consciência de Magneto e se torne o ser conhecido como Onslaught, o chefe final.