Parece que as pessoas adoram esses brinquedos Mini Mario. Tanto que a Mario Toy Company expandiu a linha para incluir os bonecos Mini Donkey Kong, Mini Toad e Mini Peach na série. Com todos esses brinquedos lhe rendendo mais dinheiro do que ele sabe o que fazer com eles, Mario decide realizar seu sonho de vida e abrir um parque temático chamado Super Mini Mario World. A multidão no dia da inauguração inclui Pauline e Donkey Kong, que imediatamente se apaixona perdidamente pela adorável moça. O macaco orgulhoso tenta mostrar seu brinquedo Mini DK para Pauline, mas ela escolhe o brinquedo Mini Mario em vez do dele e o ciumento Donkey Kong fica furioso. Ele quebra as vitrines, destrói os brinquedos e leva Pauline para o último andar do parque de diversões. Os jogadores devem encontrar Pauline e salvar o dia. Mario vs. Donkey Kong 2 permite que os jogadores criem seus próprios mapas com um novo editor de níveis. Depois que um mapa é criado, os jogadores podem enviá-lo para o outro lado do mundo via Nintendo Wi-Fi Connection. Os jogadores também podem usar a Conexão Wi-Fi da Nintendo para baixar mapas criados por outros jogadores, conferir o sistema de classificação e acessar bônus especiais. Esses recursos exclusivos certamente farão sucesso entre os fãs de quebra-cabeças do mundo todo.