No dia 31 de Outubro de 2001, Edward Carnby, detetive sobrenatural, investiga um perigoso mistério: o desaparecimento de seu colega, Charles Fiske, na Ilha das Sombras. Sua investigação o leva até um homem chamado Frederick Johnson, que o informa que Fiske está morto e que havia seguido para a ilha para coletar três tabletes antigos. Carnby então faz da missão de sua vida, achar o assassino de seu amigo. Johnson apresenta Carnby à Aline Cedrac, uma professora de universidade e arqueóloga. Ela deverá seguir com Edward para a Ilha para achar os tabletes, e ajudar o Professor Obed Morton, que lá mora, em sua mansão.
Enquanto estão sobrevoando a costa da Ilha, o avião deles é atacado por uma estranha criatura, e por consequência, ele entra em pane, obrigando Aline e Edward à pularem de paraquedas. Enquanto o avião cai em um pântano, Aline aterrissa no telhado da Mansão Morton, e Edward em uma floresta nas proximidades. O jogo então, começa (você escolherá um dos dois protagonistas para começar a aventura e ambos terão desafios e histórias diferentes a seguir), onde Edward tenta chegar até a mansão para encontrar Aline, onde então os dois poderão pensar o que fazer em seguida.
