O terceiro jogo de Yu-Gi-Oh! para PC. Também é o último jogo da série Power of Chaos. O jogo inclui 771 cartas.
Neste jogo, o oponente é Joey Wheeler. Ele adiciona novas cartas, novas opções de duelo e mais Decks para o oponente, tornando este o jogo da série Power of Chaos com mais conteúdo. As cartas dos dois jogos anteriores da série também são incluídas, caso estejam instalados.
Entre os novos recursos, há níveis de dificuldade para o oponente controlado pelo computador, indicados por um medidor de estrelas no menu de Duelo, que vai de 1 a 9 estrelas. Conforme você vence duelos, a dificuldade aumenta, e o oponente troca de Deck por um mais poderoso a cada aumento. Nos níveis mais altos (8 e 9), o oponente pode usar Decks diferentes dentro do mesmo nível. Perder vários duelos consecutivos reduz a dificuldade — algo que acontece pela primeira vez nos jogos Power of Chaos.
Outras opções permitem que o oponente use cartas dos dois jogos anteriores, aumentando a dificuldade. Também é possível proibir muitas cartas Limitadas, deixando o jogo mais equilibrado.
Outra novidade é que, quando você ganha cartas que já possui, pode escolher receber cartas diferentes ou ficar com as que ganhou. Isso só é possível quando todas as cartas recebidas em uma partida, ou a única carta recebida em um duelo, são cartas comuns que você já tem.
Por fim, também é possível duelar com um amigo pela rede local (LAN) ou pelo GameRanger.