Desenvolvido para o 10º aniversário da série, Wild Arms 5 segue um grupo de jovens viajantes enquanto lutam por sua terra agonizante. Os jogadores guiam o bando de heróis através de um mundo 3D cheio de aventura e combate. Ao pular, deslizar e pisar no ambiente para completar o objetivo principal, os jogadores também podem participar de minijogos e missões secundárias por dinheiro e itens raros.
Embora a história gire em torno de novos personagens, o sistema de batalha HEX retorna e vários avatares conhecidos fazem aparições durante o jogo. As habilidades de empunhar uma pistola de duelo fazem sua estreia em Wild Arms 5 e permitem que os jogadores disparem diferentes balas que resolvem quebra-cabeças localizados ao longo da aventura.