Wild Arms 2 não é uma sequência direta do primeiro Wild Arms, embora seja ambientado no mesmo mundo fictício Filgaia, que combina elementos do Velho Oeste, steampunk e fantasia.
O sistema de combate baseado em turnos contra inimigos que aparecem aleatoriamente se assemelha ao do antecessor, apresentando técnicas únicas para cada personagem, assim como o sistema Guardian, que permite que os personagens convoquem criaturas poderosas para auxiliá-los nas batalhas.
Três combatentes podem ser usados ativamente em batalhas; o jogador também pode trocar qualquer um deles com um personagem reserva, até seis no total.