Clank está em uma missão. Seu melhor amigo, Ratchet, foi enquadrado por um inimigo implacável e preso por um crime que não cometeu. Não apenas isso, mas a prisão de segurança máxima de Ratchet está cheia dos criminosos mais perigosos do universo, a maioria dos quais está fazendo fila para “receber” pessoalmente Ratchet em sua nova cela.
Felizmente para Ratchet ele tem Clank do lado de fora, e felizmente para Clank ele é o tipo de pequeno robô inteligente que é legal sob pressão e sabe uma coisa ou duas sobre rastrear um inimigo misterioso. É por isso que, como Agente Secreto Clank™, ele está atrás de pistas para desvendar o mistério e garantir a libertação de Ratchet da prisão.