PixelJunk Shooter é a quarta parcela da franquia PixelJunk, na qual cada jogo é baseado em outro gênero. Ao contrário dos jogos PixelJunk anteriores, Shooter não apresenta a dificuldade hardcore da marca registrada da série. ###Plot Outra partida das tradições PixelJunk é que Shooter tem uma história de fundo. O jogo se passa em um planeta distante Apoxus Prime. Os cientistas exploram suas enormes cavernas para minerar recursos. O jogador controla uma nave estelar chamada Ers Pinita Colada. Seu capitão responde a um sinal de socorro de Apoxus Prime e tenta resgatar os cientistas perdidos nas cavernas. ###Jogabilidade O jogador pilota o navio nos túneis subterrâneos. O objetivo é localizar e salvar os cientistas.
O navio usa sua arma para destruir inimigos ou limpar o caminho de gelo e rochas. A nave não tem pontos de vida. Em vez disso, um termômetro mede a temperatura do navio. O jogador deve evitar o superaquecimento e lembrar de resfriar o navio, por exemplo, mergulhando na água. O subterrâneo apresenta monstros, vilões e outros perigos. Existem muitos quebra-cabeças ambientais que exigem que o jogador manipule água, lava, pedras e outros elementos para acessar os cientistas e desbloquear portas. PixelJunk Shooter tem três episódios compostos por cinco níveis cada, e os níveis consistem em estágios curtos. O jogador só pode progredir salvando os cientistas e, se cinco ou mais deles morrerem, ele terá que reiniciar. Um objetivo secundário é reunir os itens colecionáveis, como diamantes.
