Em PixelJunk Monsters Deluxe, o jogador controla um personagem defensor da floresta em um ambiente 2D exuberante. O objetivo do jogador é defender estrategicamente o caminho para sua base de um ataque de vários monstros ameaçadores. Entre ondas de ataques de monstros, o jogador luta para reforçar suas defesas coletando moedas de ouro e joias de inimigos caídos para financiar novas torres e pesquisar armas mais mortais. O jogo apresenta uma nova ilha com mais de 10 estágios, novos inimigos, faixas de música e bônus especiais. Com duas novas torres únicas disponíveis, os jogadores podem desfrutar de todas as fases originais do Monstro com uma nova jogabilidade.
O criador Dylan Cuthbert descreveu PixelJunk Monsters Deluxe como a "versão definitiva" do jogo. Ele contém todo o conteúdo de nível do jogo original e seu pacote de expansão Encore, bem como novos níveis, inimigos e torres. Músicas adicionais, vídeos, arte conceitual e outros recursos especiais também estão incluídos.
