Um ano após os eventos do Ninja Gaiden original, um novo vilão chamado Ashtar recebe a notícia da derrota de Jaquio. Ashtar usa esta oportunidade para criar um novo plano para mergulhar o mundo na escuridão. O ninja, Ryu Hayabusa, segue a trilha para destruir todos os tipos de criaturas vis que entram no mundo enquanto luta para destruir Ashtar, sua Espada Negra do Caos e tudo o que está por trás do mal. Ninja Gaiden II: The Dark Sword of Chaos é um jogo de ação de rolagem lateral de ritmo rápido na tradição do jogo original Ninja Gaiden. Ryu é um ninja que pode correr, pular e golpear com sua espada ninja. Ele também pode se prender a paredes verticais e subir e descer, o que é uma habilidade que faltava no jogo anterior. Os powerups estão escondidos em todos os lugares ao longo dos níveis. Esses power-ups incluem bolas de fogo e estrelas ninja como antes; um novo e exclusivo powerup é a sombra ninja. Ryu pode coletar até 2 sombras ninja que seguem todos os seus movimentos e usam as mesmas armas ao mesmo tempo que Ryu ataca. Ninja Gaiden II conta sua história através do uso liberal de cenas cinematográficas intercaladas entre os níveis de ação. Diferentes níveis apresentam uma variedade de interação ambiental; por exemplo, um nível tem Ryu em uma montanha alta onde a neve está caindo rapidamente e o vento está soprando forte. A mudança de direção da queda de neve indica como o vento está soprando e Ryu tem que lutar contra a brisa. Em um nível noturno, grande parte do ambiente é escuro e é iluminado apenas esporadicamente por relâmpagos.
