Desde o incidente em Shadow Moses Island, a tecnologia ultra-secreta do Metal Gear vazou no mercado negro através das maquinações do Revolver Ocelot. Como resultado, inúmeras variações de Metal Gears surgiram em todos os cantos do globo, tornando a arma um componente cada vez mais comum das forças armadas das potências nucleares. Em meio a tudo isso, Solid Snake, agora membro do grupo anti-Metal Gear "Philanthropy", soube que um novo protótipo de Metal Gear foi desenvolvido pelos fuzileiros navais dos EUA e está sendo transportado em segredo para um destino desconhecido. . Para saber mais sobre esta nova máquina, Snake deve se infiltrar no transporte, disfarçado de petroleiro, enquanto desce o rio Hudson. Assim como Snake está prestes a começar sua missão, no entanto, o navio é apreendido por um grupo misterioso e bem armado empenhado em roubar o novo Metal Gear para seus próprios e nefastos propósitos.
