Mario Super Sluggers, a sequência de Mario Superstar Baseball, dá continuidade à jogabilidade estilo arcade dos jogos esportivos do Mario. Mario e seus amigos são convidados para o Reino do Beisebol para jogar uns contra os outros. Ao ouvir isso, Bowser interrompe a festa imediatamente.
Existem vários modos de jogo para escolher, como no jogo anterior. No modo Exibição, os jogadores jogam uma única partida uns contra os outros. Os jogadores podem escolher diferentes opções, como quantas entradas jogar, se os capitães podem usar poderes estelares (cada capitão tem um swing e um arremesso estelar diferentes) e ativar e desativar itens de erro (itens de erro podem ser lançados contra os jogadores de campo).
O modo Desafio para um jogador é diferente desta vez. Em vez de escolher um capitão de equipe, os jogadores começam com Mario, que deve encontrar companheiros de equipe para enfrentar Bowser Jr. e Bowser. Os companheiros de equipe não são desbloqueados ao jogar uma partida, mas apenas se juntam à equipe ao completar certos objetivos. A maior parte da ação acontece em áreas com perspectiva aérea; cada área é baseada em um capitão de equipe. Cada capitão tem uma habilidade especial para encontrar companheiros de equipe e moedas, que são usadas para comprar itens que ajudarão na missão ou em uma partida contra Bowser Jr. ou, posteriormente, contra Bowser. Mais moedas podem ser obtidas em minijogos.
O modo Toy Field é ligeiramente diferente daquele apresentado em Mario Superstar Baseball. Assim como no jogo para GameCube, os jogadores se revezam rebatendo para ganhar pontos; a vez é concedida a quem agarrar e segurar a bola após um certo tempo. Ao contrário do jogo anterior, no entanto, os jogadores de campo podem atacar uns aos outros para roubar a bola de quem a estiver segurando. O batedor também pode arremessar itens nos jogadores de campo para fazê-los derrubar a bola e conceder ao batedor outra vez.
