Gordon Freeman se tornou o protagonista sem nome e sem voz mais popular da história dos jogos. Ele é retratado como o cientista mais famoso e um herói no mundo de Half-Life, e por um bom motivo. No primeiro jogo ele salvou o planeta de uma invasão alienígena, desta vez, quando a invasão já começou, o mundo precisa mais uma vez de sua ajuda. E você, como jogador, ajudará este mundo a sobreviver. Desta vez Gordon chega à Cidade 17, devastada e ocupada por Combines, onde encontra seus velhos amigos de Black Mesa.
O que é diferente, além da qualidade geral do design, é o uso do mecanismo Source da Valve que não apenas expande a fluidez das animações e movimentos do modelo de personagem, mas permite que os jogadores interajam com uma infinidade de objetos com o avançado e realista (até certo ponto ) física. Os zumbis clássicos do Headcrab foram reformulados e têm novas variantes que oferecem aos jogadores diferentes ameaças. Para um FPS baseado em história, Half-Life 2 é único em sua entrega de enredo e faz com que a mecânica do jogo pareça natural, seja de plataforma ou direção.