O jogador está em um navio, a caminho da Duel Academy, com seus amigos Jaden Yuki e Syrus Truesdale. O jogador é colocado no dormitório Slifer Red, e logo depois, coisas estranhas começam a acontecer. Assim que essas ocorrências estranhas começam, você começa a ouvir a voz de um espírito de duelo. Este espírito é um bom espírito e irá ajudá-lo a duelar e resolver os mistérios que cercam a Duel Academy. A história segue vagamente os eventos do anime, apenas o jogador toma o lugar dos duelos de Jaden. Como Dimitri roubando o Deck de Yugi, e o jogador recuperando.
O jogo cobre principalmente o anime, desde o início até o arco Dark Zane. Como o jogo é baseado no anime, alguns personagens principais e secundários aparecerão. Também inclui muitos personagens exclusivos do Spirit Caller; eles são apresentados como personagens secundários. Mais tarde, você duelará com todos os 7 Shadow Riders e outras partes da primeira temporada, depois entrará em um torneio.
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