O jogo começa com a terra de Hyrule em um estado de medo por causa de estranhos acontecimentos que ocorreram recentemente. Em uma noite de tempestade, a princesa Zelda e as donzelas do santuário temem que a razão para esses eventos seja que o selo de Vaati esteja enfraquecendo.
Ela invoca Link e o leva para o castelo para que ele possa protegê-la e às outras donzelas enquanto elas abrem o portal para o Santuário das Quatro Espadas. Quando o fazem, no entanto, uma figura sombria aparece do portal. Esta figura era Shadow Link, que então sequestrou as donzelas do santuário e as selou em cristais. Link o segue até o santuário, onde ele recupera a Four Sword para destruir este doppelganger. A Four Sword é uma espada mágica que divide o portador em três clones de si mesmo. Vaati é mais uma vez libertado e causa estragos no outrora pacífico reino.