O jogo em si é dividido em três episódios, um para o jogador comandar cada raça. No primeiro segmento do jogo, o jogador e Jim Raynor estão tentando controlar a colônia de Mar Sara após os ataques Zerg em outros mundos Terranos. A segunda campanha revela que Kerrigan não foi morta pelos Zerg, mas sim capturada e infestada em um esforço para incorporar seus traços psiônicos ao pool genético Zerg. O episódio final do jogo vê Aldaris e o governo Protoss rotulando Tassadar como um traidor e um herege por conspirar com o templário das trevas. O jogador inicialmente serve Aldaris na defesa de Aiur da invasão Zerg, mas durante uma missão para prender Tassadar, o jogador se junta a ele.