As Guerras Clônicas coloca você no centro das batalhas da Velha República em 16 missões. Pilote diversos veículos, incluindo motos speeder, naves de assalto da República e tanques de combate, e use também a arma dos Jedi, seu sabre de luz, em combates corpo a corpo. Enquanto a série Rogue Squadron se concentrava em batalhas aéreas, As Guerras Clônicas apresenta quase exclusivamente batalhas terrestres. Ao longo do jogo, você deve lutar como Anakin Skywalker, Obi-Wan Kenobi, Mace Windu e outros personagens para impedir que a Confederação obtenha uma arma mortal. O jogo também oferece opções multijogador para até quatro pessoas, com modos como mata-mata, conquista e sobrevivência cooperativa em combates terrestres e com veículos.