Sonic está de volta, e desta vez, ele precisa da ajuda de todos os seus amigos para derrotar o malvado Dr. Eggman. Em Sonic Advance 3, Sonic e Tails devem se reunir com seus amigos Cream, Knuckles e Amy.
Junte-se a qualquer um dos cinco personagens para ganhar movimentos de ataque especiais: Sonic aumenta sua velocidade, Tails aumenta seu poder de salto, Knuckles aumenta seu poder de ataque, Amy oferece o ataque de martelo Piko Piko e Cream permite que você execute um ataque de retorno. Com um link Game Boy Advance, você e três de seus amigos podem batalhar nos modos multiplayer.