Sonic retorna para um segundo passeio no Game Boy Advance.
Mais uma vez, Sonic é chamado para salvar o mundo do malvado Dr. Eggman. Nesta ocasião, Sonic é acompanhado pelos amigos Tails, Knuckles e Cream the Rabbit, a mais recente adição à equipe Sonic. Cada um vem com um conjunto de movimentos únicos, permitindo que você alcance certas áreas ao longo dos níveis. No entanto, ao contrário do Sonic Advance, você deve completar o jogo como Sonic para desbloquear os outros personagens.
Chaos Emeralds e Special Rings enchem os palcos. Para coletar as esmeraldas (transformando Sonic em Super Sonic para a batalha final com Dr. Eggman), você deve encontrar os anéis especiais escondidos em cada estágio para desbloquear o estágio bônus. Complete a fase bônus e a esmeralda é sua.
Você também terá a chance de coletar e aumentar o caos, e trocá-los por Sonic Adventure 2: Battle no GameCube, através do uso do cabo de link GBA/GC.