Situado entre uma variedade de fundos 2D coloridos, Patapon se desenrola em mais de 30 missões com mais de 20 ambientes diferentes, onde os jogadores têm a tarefa de equipar o exército Patapon, coletar recursos e usar estratégia para transformar a tribo em uma força de combate devastadora.
Incorporando várias batidas cronometradas por botões em tempo real para controlar os Patapons, os jogadores irão estrategicamente atravessar cada ambiente, lutando contra inimigos a cada passo do caminho. O jogo apresenta uma variedade de tipos de guerreiros, como arqueiros, infantaria, cavalaria e muito mais que os jogadores podem desbloquear, juntamente com uma ampla seleção de mais de 100 atualizações de armas e escudos, permitindo que os jogadores personalizem suas forças ao longo da aventura divertida.