A jogabilidade consiste em percorrer áreas labirínticas repletas de monstros com o objetivo de abrir o portão que leva à próxima área. No papel de um Bomberman, o jogador pode posicionar bombas para destruir todos os monstros, o que abrirá o portão. Destruir blocos do labirinto pode revelar itens úteis, como bombas com controle remoto, aceleradores, corações e aumento do alcance das explosões. Neo Bomberman inclui chefes que aparecem ao fim de cada zona. Cada zona é mais difícil que a anterior, e algumas apresentam novas armadilhas e obstáculos, como esteiras transportadoras.