Um malvado Bomber chamado Imperador Terrorin, que tem o poder do próprio Tempo, libertou vários Bombers criminosos de suas celas de prisão em órbita ao redor do Planeta Bomber. Configurando-os em um tempo e espaço distorcidos, Shirobon, Kurobon e seus companheiros Louie (Rui) devem viajar por estágios e derrotá-los antes de enfrentar o próprio Imperador Terrorin. Super Bomberman 5, lançado pela Hudson Soft no início de 1997, foi o último jogo Bomberman lançado no Super Family Computer - a versão japonesa do SNES. O jogo foi lançado em duas variações: um cartucho padrão e um cartucho dourado, que era vendido exclusivamente pela CoroCoro Comic. O cartucho dourado incluía mapas extras no modo de batalha.