Lançado originalmente apenas no Japão em 26 de dezembro de 2002, Kingdom Hearts Final Mix tem vários eventos e uma série de ajustes de jogabilidade que não estão nos lançamentos anteriores. O diálogo falado é em inglês, com legendas em japonês. Novas cenas, esclarecendo certos pontos da trama, como a jornada de Riku e o prenúncio de Kingdom Hearts II, foram incluídas, mas nenhum novo diálogo foi gravado. Uma opção de jogo permite ao jogador pular cenas após vê-las uma vez. Os chefes opcionais incluídos primeiro na versão em inglês foram apresentados aos jogadores japoneses pela primeira vez, junto com uma nova luta contra "Homem desconhecido", em uma tentativa de aumentar o interesse pela sequência.