Kingdom Hearts é a história de Sora, um garoto de 14 anos cujo mundo é destruído quando uma violenta tempestade atinge sua ilha paradisíaca e é separado de seus dois amigos mais próximos, Riku, um garoto de 15 anos, e Kairi, uma garota de 14 anos. A tempestade espalha os três em mundos diferentes e desconhecidos. Ao mesmo tempo, há turbulência no Castelo da Disney. O Rei Mickey está desaparecido e o Mago da Corte Donald e o Capitão Pateta saem para encontrá-lo. Em suas viagens, eles encontram Sora em sua própria busca por seus amigos perdidos. Os três falam de criaturas sinistras conhecidas como Heartless - seres sem coração derivados de uma dimensão desconhecida e, como se constatou, manipulados pelos vilões da Disney e pelos responsáveis pela tempestade devastadora. Ao descobrir a ligação entre os Heartless, a tempestade e o desaparecimento do Rei Mickey, Sora, Donald e Pateta unem forças e ajudam os conhecidos heróis da Disney a salvar seus mundos.