Just Cause II segue a história de Rico Rodriguez, que chega ainda em outra ilha fictícia. Anteriormente no Caribe, agora ele está vindo para Panau - uma ilha no sudeste da Ásia. Desta vez, Rico tem que derrubar o regime ditatorial com seu líder, Pandak "Baby" Panay e confrontar seu ex-mentor, Tom Sheldon. Quando Rico chega à ilha, ele descobre três gangues criminosas: The Roaches, The Reapers e Ular Boys. Para prevalecer, Rico também tem que lutar contra todas as três frações.
Uma das principais características do jogo é a velocidade. Este jogo está cheio de adrenalina e maneiras de fazer as coisas muito rapidamente. Uma grande variedade de veículos, como aviões, barcos, carros e outros. Um gancho também está disponível para o jogador, pois ele pode fazer seu personagem voar como o Homem-Aranha ou amarrar inimigos uns aos outros. Há uma grande variedade de armas também - você pode ter uma pistola, duas pistolas, rifles automáticos ou até mesmo um lançador de granadas! Ter um mapa do mundo aberto fornece ao jogador experiência para fazer o que quiser - voar, fazer missões ou apenas descobrir coisas novas na ilha.