Dune II é frequentemente considerado o primeiro jogo moderno de estratégia em tempo real e estabeleceu muitas convenções do gênero. Embora ambientado no famoso universo Dune de Frank Herbert, o jogo é apenas vagamente conectado ao enredo de qualquer um dos livros ou filmes baseados neles. Controlando qualquer uma das três Casas, o jogador deve travar várias batalhas contra as outras Casas. Nos níveis iniciais, o objetivo é simplesmente ganhar um certo número de créditos, enquanto nas missões posteriores, todos os inimigos devem ser destruídos.
O único recurso no jogo é o Spice, que deve ser coletado pelos harvesters. A especiaria é convertida em créditos em uma refinaria, que são gastos na construção de prédios e unidades adicionais. Existem dois tipos de terreno: os edifícios só podem ser construídos em pedra, enquanto o Spice só é encontrado na areia. No entanto, as unidades que se movem na areia atraem os grandes vermes da areia de Duna, que são praticamente indestrutíveis e podem engolir até mesmo grandes unidades inteiras. À medida que os níveis progridem, novos e mais avançados edifícios e unidades são disponibilizados, incluindo estruturas como uma estação de radar, uma instalação de reparo ou torres de defesa e, para unidades, várias tropas terrestres, veículos leves e tanques. Cada Casa pode construir uma unidade especial única e, depois de construir uma melhoria do palácio, pode desencadear um efeito de palácio único.