Em 2642 d.C., a Terra permanece marcada por conflitos alienígenas anteriores à medida que os problemas ambientais crescem além do controle da humanidade. 80% da população do planeta foi completamente devastada por uma grade de armas hipermagnéticas com defeito durante o desenvolvimento. Bill Rizer, o herói das Guerras Alienígenas, foi responsabilizado pelo incidente, bem como pelo assassinato de seu parceiro, Lance Bean, que supostamente tentou detê-lo. Ele foi condenado a 10.000 anos de prisão criogênica.
No entanto, cinco anos depois, em 2647, a Terra enfrenta outra ameaça quando a organização terrorista "Blood Falcon", liderada por um comandante misterioso e sobre-humano, espalha o pânico pelo mundo. O governo governante, conhecido como o "Triumvirate", decide libertar Bill Rizer antes de completar sua sentença, em vista de seus sucessos anteriores na defesa da Terra, na esperança de neutralizar o Blood Falcon. Lucia, um soldado ciborgue avançado construído pelo governo a partir da pesquisa do Dr. Geo Mandrake, é enviado para acompanhar e ajudar os empreendimentos de Bill. Bill finalmente descobre que Lance ainda está vivo e é de fato o comandante do próprio Blood Falcon.
Depois de derrotar Lance, é revelado que os alienígenas dos jogos anteriores atacaram porque o Triunvirato roubou secretamente uma misteriosa e poderosa "Relíquia" deles. Com essas informações, Bill e Lucia precisam enfrentar Triumvirate e descobrir o segredo da Relíquia alienígena.
