A expansão The Alters: Last Variable tem dois finais, definidos pela última escolha de Jan ao conversar com JanBot. As ações e as respostas dadas anteriormente não alteram o desfecho: é preciso decidir entre criar um sucessor ou romper o ciclo.
Desbloquear um dos finais já é suficiente para obter a conquista correspondente. Ver os dois não libera uma conquista adicional. A seguir, estão os spoilers dos desfechos.
Ao escolher Criar um Sucessor, Jan Cientista retorna ao módulo Útero para criar outra versão de si mesmo. A ideia é que ela dê continuidade ao processo com mais conhecimento, uma visão melhor e menos erros.
Como JanBot explica durante a conversa na Sala de Comunicações, cada nova iteração traz melhorias e permite avançar na tentativa de recriar a energia infinita. Ainda assim, nenhuma versão conseguiu concluir o processo sem falhas, o que levou à repetição dos experimentos.
O jogo não tem modo Novo Jogo+. Portanto, embora a decisão de reiniciar JanBot dê início, em teoria, à 320ª iteração de Jan Cientista, não é possível acompanhar essa nova vida nem conferir as melhorias mencionadas por JanBot.
Depois de optar por continuar o ciclo e reiniciar JanBot, Jan Cientista faz um monólogo sobre a ciência e a busca pela verdade, mesmo que essa jornada leve muito tempo.
Se escolher Romper o Ciclo, Jan Cientista desativa JanBot para sempre. Com isso, tudo o que foi descoberto e armazenado na memória do robô deixa de estar acessível.
Jan decide encerrar sua vida como a 319ª iteração de si mesmo. Sem conseguir recriar a energia infinita, ele passa o resto dos dias descansando no Oásis, até morrer — assim como os alters que permaneceram nos Laboratórios de Campo e nunca voltaram à base.
No fim, Jan Cientista entende que sair do ciclo também foi uma lição: às vezes, é preciso reconhecer que chegou a hora de parar. Esse é um desfecho mais tranquilo, sem a pressão de continuar os experimentos. Jan morre, mas encontra calma e paz em seus últimos momentos.
Nenhum dos finais tem cena pós-créditos, então é possível pular os créditos sem perder conteúdo adicional da história.
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