STALKER 2: Heart of Chornobyl tem quatro finais diferentes, definidos por escolhas feitas em três missões importantes da reta final. Embora não seja necessário terminar o jogo várias vezes para conferir todos os desfechos, é preciso criar um salvamento manual antes de avançar para a missão Legends of the Zone.
As decisões determinantes aparecem nas missões Questão Sutil, Ligações Perigosas e O Último Desejo. Como todas acontecem na parte final da campanha, o jogador pode fazer um salvamento manual antes desse trecho e experimentar os quatro resultados sem reiniciar a aventura desde o começo.
Esse caminho coloca o jogador ao lado de Strelok, que quer proteger a Zona e assumir o controle do local. Para chegar a esse final, é necessário rejeitar Scar, fugir de Korshunov e atirar em Kaymanov. Strelok também apareceu em jogos anteriores da franquia, e sua história está ligada ao passado da Zona.
Esse final exige as mesmas decisões do caminho anterior, mas com uma mudança na última escolha: em vez de atirar em Kaymanov, o jogador deve baixar a arma e ficar ao lado dele. O personagem é um homem da ciência que quer descobrir o que acontecerá com a Zona caso ela seja deixada por conta própria, sem ficar sob o controle de nenhuma facção.
O grupo Spark é liderado por Scar, protagonista de STALKER: Clear Sky. Ao ajudar essa facção, Scar entra em uma cápsula acreditando que ela o levará até a Zona Brilhante. Diferentemente dos outros caminhos, esse desfecho depende de decisões em apenas duas das três missões principais: Questão Sutil e Ligações Perigosas.
Esse caminho favorece a Guarda e coloca o jogador ao lado do coronel Korshunov. O objetivo da facção é destruir a Zona de uma vez por todas. Assim como no final de Spark, apenas duas missões influenciam diretamente o resultado: Questão Sutil e Ligações Perigosas.
