Desde Far Cry 4, os jogos numerados da franquia escondem finais alternativos que podem ser desbloqueados pouco depois do início ou em momentos específicos da campanha. Eles não fazem parte da linha do tempo principal, funcionando como possibilidades diferentes das histórias oficiais.
Em Far Cry 4, basta aguardar cerca de 15 minutos em uma sala logo no começo. Já em Far Cry 5, a alternativa aparece após esperar por um ou dois minutos antes de prender Joseph Seed. Em Far Cry 6, o jogador precisa avançar por aproximadamente uma hora até ter acesso ao desfecho secreto.
No início de Far Cry 4, Ajay é deixado sozinho por Pagan Min enquanto come. Em vez de sair imediatamente, basta esperar. Depois de cerca de 15 minutos, Pagan retorna e revela detalhes sobre sua relação com a mãe de Ajay e sobre as atitudes do pai do protagonista.
Em seguida, Pagan leva Ajay até o memorial da meia-irmã dele, permitindo que as cinzas da mãe sejam deixadas no local. O encerramento sugere que os dois acabam se unindo contra os possíveis aliados que seriam encontrados durante a campanha normal.
O jogo também possui outra variação. No fim da história, quando Pagan Min parte de helicóptero, é possível usar um lançador de foguetes para derrubá-lo. Depois, o jogador pode voltar ao local da queda e saquear os destroços.
Logo no começo de Far Cry 5, o jogador precisa prender Joseph Seed. Porém, se a ordem de prisão não for executada imediatamente, basta esperar por um ou dois minutos para ouvir alguns comentários do líder religioso.
Após esse período, o xerife conclui que não vale a pena prosseguir. A equipe deixa o local sem prender Joseph, já que, segundo a avaliação apresentada na cena, ninguém sairia vivo caso a prisão fosse realizada.
O desfecho secreto de Far Cry 6 exige um pouco mais de progresso. É necessário concluir a introdução, tentar escapar para Miami, ajudar a Libertad e destruir os navios de guerra de Castillo.
Depois dessa sequência, Dani passa a ter acesso a um barco e pode escolher entre se juntar à Libertad ou partir por conta própria. Para desbloquear o final alternativo, basta pegar a embarcação e navegar até a borda do mapa.
Dani consegue chegar a Miami em segurança e aparece em uma praia. Enquanto isso, uma transmissão de rádio informa que a Libertad fracassou na tentativa de derrotar o ditador de Yara, Anton Castillo.
