Xenogears segue o protagonista Fei Fong Wong e vários outros enquanto eles viajam para descobrir a verdade por trás de entidades misteriosas e cabalísticas que operam em seu mundo. Os princípios e filosofias de Friedrich Nietzsche, Sigmund Freud e Carl Jung influenciam o enredo, o design de personagens e o mundo de Xenogears.
Além disso, os símbolos, conceitos teológicos e práticas devocionais de várias religiões do mundo são representados de forma ficcional no jogo. Os principais temas psicológicos são a natureza da identidade e a memória humana, particularmente no que se refere ao fenômeno do transtorno dissociativo de identidade. A relação entre a humanidade e as máquinas é central para o enredo do jogo, como indicado pela presença de robôs gigantes apelidados de "engrenagens", que quase todos os personagens jogáveis podem controlar.