O objetivo de Super Monkey Ball 2 é guiar um macaco preso dentro de uma bola de plástico por um labirinto até a linha de chegada. Há três modos: história, desafio e prática. No modo história, você tem tentativas ilimitadas para concluir uma fase. Depois de completar 10 fases, um clipe de vídeo é exibido, seguido por um novo mundo com outras 10 fases. No modo desafio, você tem um número limitado de macacos e um limite de tempo para concluir vários níveis de dificuldade crescente. No modo prática, você pode jogar qualquer fase já concluída nos outros dois modos.
Além das opções principais do jogo, também há vários minijogos: corrida de macacos, luta de macacos, alvo de macacos, bilhar de macacos, boliche de macacos, golfe de macacos, barco de macacos, tiro de macacos, combate aéreo de macacos, futebol de macacos, beisebol de macacos e tênis de macacos. Os minijogos podem ser jogados por uma a quatro pessoas.