O jogo começa com o Doutor Eggman transformando Tails, Amy Rose, Rouge e a Master Emerald em cartas com seu novo dispositivo. Sonic e Knuckles chegam ao local e descobrem o que aconteceu. Knuckles, empenhado em salvar a Master Emerald, diz a Sonic que o trabalho em equipe está fora de questão e que ele precisa chegar a Eggman primeiro. Sonic ri e diz que gosta de um bom desafio.
Enquanto isso, Shadow the Hedgehog recebe um sinal de socorro de Eggman. De repente, um misterioso ouriço chamado Silver aparece do futuro. Silver é então perseguido por Shadow. Quando eles se encontram, Silver diz a Shadow que ele precisa chegar a Eggman primeiro. Após vários conflitos, é revelado que o Dr. Eggman é de fato Eggman Nega e que o verdadeiro Doutor Eggman é capturado em um cartão antes da história. Após uma batalha final com Sonic, Knuckles, Shadow e Silver, Nega é derrotado, todos são revertidos para suas formas originais, e Silver retorna ao futuro com Eggman Nega que está preso dentro de um cartão.
