Pandora's Tower foca nas viagens de Aeron por treze torres para quebrar uma maldição sobre Elena que a está transformando em uma fera, usando sua espada e corrente mágicas. Um certo grupo desses monstros é chamado de feras, pois sua carne pode ser usada para reverter temporariamente os efeitos da maldição. O objetivo principal do jogo é adquirir a "Carne Mestra" da fera mestra de cada torre, pois esta é a única maneira de quebrar a maldição. Os jogadores têm apenas um certo tempo nas torres antes que a maldição de Elena piore (exibida como um medidor na tela do jogador) e o jogador seja forçado a sair da torre para dar carne a Elena; portanto, é importante que o jogador pegue atalhos para chegar ao topo, bem como para voltar.