Em Naruto: Ultimate Ninja Heroes 2 - A Fortaleza Fantasma, os jogadores conduzem um grupo personalizado de quatro personagens de NARUTO por mais de 100 andares do castelo, enfrentando batalhas intensas mano a mano, minijogos empolgantes e reviravoltas dramáticas em uma luta pela sobrevivência. Durante a jornada, será possível fortalecer cada integrante do grupo com um novo sistema de personalização de personagens, equipando habilidades e itens para obter vantagem decisiva nas batalhas. Com atualizações no sistema de combate acelerado que é marca registrada da série, os jogadores poderão executar com facilidade ataques aéreos acrobáticos, sequências de golpes espetaculares e técnicas jutsu imparáveis.