A história segue as lutas de Goemon para impedir que a gangue Peach Mountain Shoguns transforme o Japão em um teatro de artes plásticas ocidentalizado. O enredo pede três recursos musicais cinematográficos e batalhas entre robôs gigantes; como outros jogos Ganbare Goemon, é salpicado de humor surrealista e anacronismos.
O protagonista de Mystical Ninja é Goemon, um ninja de sangue quente e kiseru com cabelo azul e espesso baseado no lendário ladrão Ishikawa Goemon. O senhor de Oedo pede-lhe que encontre aqueles que mutilaram o Castelo de Oedo. Goemon mora em Oedo Town e é amigo de Ebisumaru, um homem gordo estranho e guloso que usa uma bandana azul. Ebisumaru é definido como preguiçoso e pervertido. Seu amigo lançador de kunai, Sasuke, é um ninja mecânico (feito pelo Sábio de Iga) que gosta de banhos quentes e chá japonês. Completando os heróis está Yae, uma kunoichi feroz empunhando uma espada, que encontra o bando de Goemon na cidade de Zazen. Os vilões do jogo vêm da organização Peach Mountain Shoguns e incluem uma gangue de quatro "esquisitos" liderados por Spring Breeze Dancin' (Danshin Harukaze) e Kitty Lily (Margaret Ranko). Eles pretendem transformar o Japão em um palco para seus talentos.
