Uma grande celebração na Expo Mundial de Robótica é interrompida pela visão de um disco voador cruzando o céu. Mas, em vez de homenzinhos verdes, o disco traz um cientista muito furioso! Armado com uma máquina de controle mental que transmite um sinal sinistro, o Dr. Wily está pronto para hipnotizar todos os robôs da cidade e transformá-los em um exército de mercenários metálicos sem vontade própria!
Lutando contra os efeitos da máquina de controle mental de Wily, Mega Man e seus reforços robóticos, Rush e Beat, terão de derreter um exército de inimigos liderados por oito dos maiores Mestres Robôs de Wily! E, se Mega Man sobreviver, o Dr. Wily estará à espera para soltar a artilharia pesada com sua mais recente criação: o temível Tanque Wily!