O quarto jogo da série Mega Man Battle Network vem em duas versões — Red Sun e Blue Moon — cada uma com inimigos, fichas de batalha, almas e personagens diferentes. Mais uma vez, você assume o papel de Lan enquanto ele e seu amigo, Mega Man.exe, lutam para livrar a internet de vírus e outros inimigos do mundo cibernético. Ao contrário dos jogos anteriores da série, Mega Man Battle Network 4 se concentra em um sistema de torneios onde os jogadores encontram uma variedade de inimigos que devem ser derrotados. Um novo sistema Soul Unison permite que Mega Man se transforme em seus inimigos derrotados.