Na futura cidade de Monsteropolis, o uso de mão de obra robótica ajudou a civilização a crescer mais do que nunca. Na vanguarda desta tecnologia está o Dr. Light e seu assistente Dr. Wily, que são contratados para construir seis robôs para lidar com uma variedade de tarefas específicas. Eles são nomeados Bombman, Gutsman, Iceman, Cutman, Elecman e Fireman em referência às suas funções primárias individuais. Dr. Wily, no entanto, tem planos maiores e escolhe assumir o controle dos robôs e liberar a destruição em uma tentativa de controlar o mundo. Dr. Light luta com a melhor ferramenta que ele tem, um robô experimental semelhante a um humano, Rock aka Mega Man, que foi testado para realizar tarefas de limpeza.
Agora devidamente armado, cabe ao Mega Man enfrentar os robôs rebeldes, abrir caminho até o castelo do Dr. Wily e acabar com essa loucura. Mega Man é um jogo de plataforma side-scrolling. Mega Man tem a habilidade de pular e disparar sua arma. Ele deve viajar para os níveis dos seis mestres robôs e derrotá-los em combate. Ao fazer isso, Mega Man é capaz de adquirir seu próprio poder. Esses poderes podem ser usados alternadamente com sua arma principal e atingir as fraquezas de chefes inimigos específicos. Além disso, algumas áreas ocultas dos níveis só podem ser acessadas usando certas armas robóticas capturadas. Uma habilidade especial Magnet Beam também pode ser encontrada, que pode ser usada para criar etapas. Viajando por esses níveis, Mega Man é confrontado por um exército de criações de robôs menores. Destruir estes geralmente produz cápsulas de energia (para recarregar a energia do Mega Man), cápsulas de armas (para recarregar as armas especiais do robô do Mega Man) e vidas extras em forma de cabeça do Mega Man.
