O 9º jogo da série Atelier e o primeiro dos dois jogos de Mana Khemia.
O foco principal do jogo é o protagonista, Vayne Aurelius, filho de um lendário alquimista chamado Theofratus, que desapareceu algum tempo após o nascimento de Vayne. Desde então, Vayne leva uma vida reclusa, tendo como única companhia um Mana em forma de gato chamado Sulpher. Vayne é convidado para a Academia Al-Revis para estudar alquimia por Zeppel, um dos professores. Ele logo é integrado à escola ao passar a fazer parte de um ateliê liderado por Flay Gunnar (um aluno veterano conhecido como o Defensor da Justiça), junto com outros dois estudantes: Jess (uma garota desastrada que, ainda assim, é habilidosa em alquimia) e Nikki (uma garota-fera impulsiva). Logo, juntam-se a eles Pamela (o fantasma residente da escola), Anna (uma mestre espadachim de 11 anos), Roxis (filho de uma famosa família de alquimistas, que Flay logo força a entrar para a oficina) e Muppy (um alienígena que o grupo encontra durante uma missão). Os oito conseguem cumprir as tarefas, aprender as habilidades da alquimia e fazer a oficina prosperar.
