É uma noite chuvosa na primavera de 2005. Lily é deixada em casa sozinha depois que seu pai a colocou na cama. Ela é acordada por um grito de socorro do lado de fora de sua janela. Está vindo do poço. Ajude Lily a juntar corda para descer o poço e salvar a pobre alma presa lá embaixo.
Lily's Well é um jogo de terror em pixel onde os jogadores controlam uma garotinha chamada Lily. Depois de ouvir uma voz pedindo ajuda do fundo do poço de sua casa, ela reúne coragem para juntar corda para salvar quem está preso lá embaixo. Os jogadores podem explorar a casa de Lily e a propriedade ao seu redor para encontrar diferentes objetos que podem ser usados como corda. Existem muitos destinos possíveis para Lily que os jogadores podem descobrir. Cada um depende do comprimento da corda e dos materiais usados para criá-la.